Πληροφορίες για το λιμάνι στο Αγαθονήσι
Το νησί συνδέεται με την Κάλυμνο και τη Σάμο τέσσερις φορές την εβδομάδα και μία με τη Ρόδο.
Πληροφορίες για το λιμάνι της Χίου
Τα καλοκαίρια, το νησί συνδέεται καθημερινά με τον Πειραιά και τη Μυτιλήνη. Επίσης, υπάρχουν δρομολόγια προς τη Θεσσαλονίκη, μέσω Λήμνου και προς την Αλεξανδρούπολη, μέσω Μυτιλήνης. Σε εβδομαδιαία βάση, υπάρχει σύνδεση με τη Σάμο, την Κω και τη Ρόδο.